Ardea
Official journal of the Netherlands Ornithologists' Union

login


[close window] [previous abstract] [next abstract]

Atema E., van Oers K., Verhulst S. (2013) GAPDH as control gene to estimate genome copy number in Great Tits, with cross-amplification in Blue Tits. ARDEA 101 (1): 49-54
Het kan om allerlei redenen nodig zijn om het aantal genoomkopieŽn in een weefselmonster te schatten, bijvoorbeeld wanneer telomeren gemeten worden door middel van een quantitative PCR (qPCR). Telomeren zijn aaneengeschakelde herhalingen aan de uiteinden van de chromosomen met een beschermende werking op chromosomen. Bij zowel mensen als vogels is aangetoond dat telomeren gebruikt kunnen worden als een maat voor stress die door een organisme ervaren is. Van de technieken die gebruikt kunnen worden om telomeren te meten is het voordeel van qPCR dat het relatief weinig werk is en dat er kleine hoeveelheden DNA voor nodig zijn. Deze methode is onlangs aangepast vanuit gebruik bij mensen naar gebruik bij vogels. Voor deze aanpassing is het vinden van een geschikt controle gen zonder variatie tussen individuen essentieel. Helaas is het tot nu bij vogels gebruikte fragment DNA variabel bij Koolmees Parus major en Pimpelmees Cyanistes caeruleus en dus niet geschikt als controle gen bij deze soorten. In dit artikel beschrijven we de ontwikkeling en evaluatie van een nieuw fragment in het glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gen, geschikt als controle gen om het aantal kopieŽn van het genoom in een weefselmonster te schatten. We laten zien dat de primers die we ontworpen hebben om dit fragment te amplificeren (vermenigvuldigen), specifiek binden bij Koolmezen en de variatie tussen individuen in het fragment verwaarloosbaar is. Daarnaast wordt eenzelfde fragment bij Pimpelmezen geamplificeerd door deze primers, zonder enige variatie tussen individuen. We concluderen daarom dat deze primer-set betrouwbaar is om te gebruiken voor GAPDH als controle gen in qPCR analyses bij Koolmezen en Pimpelmezen.


[close window] [previous abstract] [next abstract]